A história começa com Arion Sherwind, chocado ao descobrir que as lendárias façanhas futebolísticas de Raimon Junior High são subitamente desconhecidas. Onde outrora se encontravam os poderosos estádios de futebol, agora são os campos de beisebol. Crianças que um dia chutaram uma bola na rua agora se ocupam com basquete, ginástica, música e caligrafia. Em um mundo paralelo onde o futebol deixou de existir, Arion deve descobrir o que aconteceu ao "belo jogo", enfrentar as intenções sombrias do El Dorado - o conselho do mundo - e enfrentar os vilões do domínio do tempo para restaurar o futebol ao mundo.
Novas e excitantes inovações no jogo fazem a sua estreia no Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire. Vista pela primeira vez em um título da série Inazuma é a nova funcionalidade Miximax, onde um jogador pode fundir sua aura com a de outro jogador para se tornar ainda mais poderoso. O Miximaxing desbloqueia o potencial para inúmeras combinações de habilidades dos jogadores e de avanços de estátuas e, quando combinado com os novos Fighting Spirits blindados, Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Wildfire oferece as mais completas possibilidades de construção de equipas já vistas na série.
O sistema Fighting Spirit - onde os jogadores podem convocar entidades poderosas que liberam movimentos especiais e aumentam muito as estatísticas dos jogadores para ajudá-los durante os jogos - retorna e é melhor do que nunca, agora que os jogadores são capazes de 'blindar' os Fighting Spirits. O Espírito de Luta blindado envolve o corpo do jogador como um fato de blindagem e, enquanto blindado, todas as habilidades do personagem são grandemente melhoradas, e os movimentos especiais tornam-se ainda mais poderosos.
A marca da série Inazuma é fornecer conteúdo exclusivo e exclusivo para cada versão, incluindo diferentes eventos da história, personagens, itens e cinemática dentro do jogo exclusiva para cada título. Tal como nas edições anteriores, é novamente possível que até quatro pessoas joguem em conjunto, sem fios locais e, por último mas não menos importante, a partir do lançamento, mais personagens e itens estarão disponíveis para download, permitindo aos jogadores criarem uma equipa ainda mais forte
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